目前，國(guó)內(nèi)現(xiàn)有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術(shù)普遍存在著發(fā)酵，遠(yuǎn)距離運(yùn)輸，集中處理高成本的問(wèn)題。同時(shí)因?yàn)榘l(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過(guò)程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對(duì)周圍環(huán)境產(chǎn)生嚴(yán)重影響。同時(shí)發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴(yán)重，雨雪天無(wú)常工作，冬季因低溫導(dǎo)致設(shè)備無(wú)法處理糞便的現(xiàn)象。發(fā)酵時(shí)間普遍長(zhǎng)達(dá)1-2個(gè)月，耗費(fèi)工作人員數(shù)量多。

菌肥是一種以菌類為基礎(chǔ)的肥料，主要由菌絲體、孢子體和菌體等組成。菌肥可分為兩大類：一類是以菌絲體為主要成分，如木霉菌肥、腐霉菌肥等；另一類是以菌體和孢子體為主要成分，如果霉菌肥、曲霉菌肥等。 菌肥具有以下特點(diǎn)：
1. 富含有機(jī)質(zhì)：菌肥主要由菌類生物轉(zhuǎn)化而來(lái)，富含有機(jī)質(zhì)，能夠提供植物所需的營(yíng)養(yǎng)元素。
2. 促進(jìn)土壤活性：菌肥中的菌類有利于土壤微生物的繁殖和活動(dòng)，促進(jìn)土壤的生物學(xué)活性。
3. 改善土壤結(jié)構(gòu)：菌肥能夠分解有機(jī)物質(zhì)，改善土壤結(jié)構(gòu)，增加土壤通氣性和保水能力。
4. 提高植物力：菌肥中的菌類具有一定的抗病能力，能夠提高植物的力，減少病害發(fā)生。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進(jìn)入土壤會(huì)在根際定殖，搶占生態(tài)位點(diǎn)讓線蟲(chóng)及真無(wú)法侵染。有益微生物進(jìn)入土壤會(huì)在根系周圍產(chǎn)生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機(jī)交替相結(jié)合，形成土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，提高土壤蓄肥、保水能。